Studiował kompozycję i dyrygenturę w Hochschule für Musik Köln, gdzie od 1995 roku jest pedagogiem. Działalność dyrygencka Christopha Marii Wagnera obejmuje przede wszystkim dzieła muzyki XX i XXI wieku. Współpracował m.in. z Helmutem Lachenmannem, Mauriciem Kagelem, Klausem Huberem, Nicolausem A. Huberem oraz takimi formacjami, jak Ensemble Modern i Junge Deutsche Philharmonie. Jako gościnny dyrygent koncertował z Oper Köln, Schauspiel Köln, WDR Rundfunkorchester Köln, Bochumer Symphoniker, oh ton-Ensemble oraz Doelenensemble. Od lat działa wspólnie z zespołem E-MEX, z którym przygotowuje zarówno światowe prawykonania, jak i nowe interpretacje arcydzieł muzyki XX wieku.